Desde principios del siglo XVI se observa un conjunto de obras en la iglesia de Santa María de Allustante que parecen tratarse de la remodelación de un templo antiguo.

Cupula

En 1514 se ordena la construcción de una capilla mayor, tal vez en sustitución de una vieja cabecera mudéjar, estando terminada hacia 1519. El maestro de obras en esta fase de construcción es Juan de Lagazpia. El estilo que parece imponer para nuevas fases constructivas es un gótico tardío manifestado en una bóveda de terceletes sostenida por columnas adosadas a la pared.

Unos años después, en 1531, se observan estar en marcha las obras del resto del cuerpo de la iglesia en las cuales el concejo, “el pueblo e personas singulares”, intervienen activamente financiando las obras y acarreando piedra y toba para levantar y cubrir las bóvedas de los dos cuerpos restantes. En 1534 la “capilla postrera”, es decir, el cuerpo situado a los pies del templo, está en fase de finalización.

El resultado fue una iglesia dividida en tres cuerpos, constando el segundo y tercer cuerpos de unas estrechas naves laterales separadas de las centrales, más anchas, por potentes columnas. En cuanto al primer cuerpo, que sirve de presbiterio, carece de naves laterales, carencia que pronto se verá compensada con la construcción a ambos lados de dicho cuerpo de una capilla dedicada al Santo Cristo de las Lluvias (lado del Evangelio) y una sacristía hoy desaparecida (lado de la Epístola).

Como acceso a la iglesia se construye una elegante portada renacentista cuyo autor, el cantero Pero Vélez, la tiene acabada en diciembre de 1540.