Pese al aspecto de abandono que presenta en la actualidad, y tras el expolio sistemático a que fue sometido en los años 1960, pudo tratarse de una de las más interesantes obras del prestigioso organero navarro, asentado en Zaragoza, Bartolomé Sánchez. Sánchez es autor de los órganos de la Catedral de Tarazona, del de la Santa Capilla del Pilar, y del de la iglesia de Santo Domingo de Daroca, entre otros.

En el caso del de Alustante se trató posiblemente de una de sus últimas obras, ejecutada en 1743. El órgano, además de su función estética, tuvo una interesante función social ya que si bien el instrumento fue financiado por la iglesia, el encargado de hacerlo funcionar, el organista, era pagado por el concejo del lugar tanto por su dedicación en este sentido como por ser maestro de primeras letras para los niños del pueblo.

Órgano