El municipio se encuentra ubicado en el corazón del Sistema Ibérico (o Celtibérico, con mayor propiedad), concretamente en la Rama Castellana de dicha cordillera
En él se pueden diferenciar varias unidades naturales:
El macizo de las Neveras se localiza en el área suroriental del municipio y posee origen paleozoico con depósitos del Silúrico y Ordovícico, 485-423 millones de años (m.a.) donde se pueden hallar, principalmente, cuarcitas y pizarras. Bordeando las áreas paleozoicas se encuentran conglomerados y arcillas rojas del Triásico (facies Muschelkalk (245-239 m.a.) y Keuper (239-201 m.a.).
Es en esta unidad donde se hallan algunas de las fuentes más destacables del pueblo, como la fuente del Endrino, la del Acebo, la fuente de los Arrieros, y las diversas fuentes de los Valles y los Hontanares. Algunos de estos manantiales sirven hoy para el abastecimiento público de agua, captaciones consideradas de las más altas de la cuenca del Tajo.
En esta zona se localiza un área de bosque de pino albar (P. sylvestris) mezclado con roble marojo o melojo (Q. pirenaica) y la estepa (. Parte de él comprendía la llamada dehesa boyal Somera o de Cirujeda, perteneciente al concejo de Alustante desde la Edad Media, que tenía unas 385 ha. Otra porción de este bosque formaba parte de los montes comunes del Señorío de Molina, concretamente el área de las Neveras, que recibe su nombre por la localización en él en el pasado de varios pozos de nieve.
En el siglo xix este bosque sufrió importantes transformaciones, al roturarse las zonas más bajas y llanas de la dehesa concejil y adscribirse a él la parte correspondiente al antiguo monte común. Así se crea el monte de utilidad pública El Pinar (MUP. N.º 109 de la provincia de Guadalajara), con una extensión actual de 298 ha, incluidas hoy en el Parque Natural del Alto Tajo.
La cordillera de la Billomera-Valhondo-los Quemados, se compone, principalmente, de rocas calcáreas: dolomías, margas y rocas dolomíticas pertenecientes a la transición del Triásico al Jurásico (alrededor de 200 m.a.). Las cualidades de estas rocas hacen que se observen fenómenos kársticos con oquedades como la cueva de los Quemados y la de los Calderos.
En esta unidad hallaremos dos manantiales con características muy similares: la fuente de Valhondo y la Salobreja. El primero de ellos se sabe que sirvió para abastecer la fuente pública de Alustante hasta finales del siglo xvii, pero, dada su naturaleza carbonática, se tuvo que abandonar, tanto por problemas de conducción como de salubridad; con todo, continuó su aprovechamiento para el riego de una estrecha franja de huertos ya documentada en Valhondo en el siglo xvi.
De parecidas características es la fuente de la Salobreja que durante siglos ha servido como aguadero de ganados. En las proximidades de su nacimiento se hallan los restos de una considerable cantera denominada la Yesera; pese a no tratarse exactamente de mineral de yeso, fue aprovechada la roca carbonática extraída, una vez cocida y molida, como mortero para la construcción.
La vegetación en esta zona se ha basado históricamente en el pino albar mezclado con ejemplares de cajigo (Q. faginea). No obstante, el paisaje conocido tradicionalmente en esta zona ha sido el pastizal y el monte bajo, de hecho, el topónimo de los Quemados, recogido ya a principios del siglo xvii, nos estaría hablando de un paisaje arrasado por el fuego, tal vez incluso como forma deliberada de ganar áreas de pasto, de hecho toda esta zona del término de Alustante perteneció a la comunidad de montes y pastos del Señorío de Molina, de ahí su nombre global de El Realengo, hoy catalogado como MUP n.º 303.
Con todo, se da aquí una amplitud de especies como la gayuba (Arctostaphylos uva-ursi) o el guillomo (Amelanchier ovalis), que dio nombre al paraje de la Cuesta del Billomar o Billomera, de acuerdo con el habla local.
La tercera unidad la compone todo el término de Motos y toda la parte del de Alustante que queda al este del río Gallo. Se trata de una amplísima área de predominio jurásico y, por ello, de materiales calcáreos: calizas, margas, calizas bioclásticas, margas grises. Dada esta naturaleza del terreno se dan fenómenos exokársticos como la formación de dolinas, tanto en pozo (El Hoyón de Motos) como en cubeta (celadas de Coriano, del Tío Ponciano y del Medio y Hoya de la Cerrillosa). También se encuentran kársticos como las simas de Hoya la Sima, del Puente y otras que periódicamente se abren (y cierran) a lo largo del lecho del río Gallo.
En general se trata de espacios arrasados debido a la erosión y aplanamiento neógenos, con pendientes ligeras o con suaves lomas, donde se encajan barrancos no demasiado profundos (a excepción de la Cañada de Alustante), en los que afloran materiales cuaternarios de tipo aluvial y coluvial (2,6-0,01 m.a.). Aparte de la Cañada, se puede encontrar Carradaroca, la cerrada de Santa María, la Pesquera, los Cañadizos, el Campillo, la Ballesta y área de los Enebrillos, en Motos.
Sin embargo, también se hallan afloramientos cretácicos en esta unidad, concretamente arenas de las facies Utrillas (191-89,8 m.a.) y margas y calizas del Turoniense (93,9-89,8 m.a.), concretamente en el cerro de Santa María, y en el área de los Arenales, Unterrón, la Cerrada Molinera, los Cepos todo ello en Motos, y Valdurrejas, entre ambos pueblos.
Aunque, debido a la orografía generalmente poco accidentada, una buena parte de esta unidad fue ocupada por labores, centradas, eso sí, en los valles cuaternarios y en parte de los afloramientos cretácicos arenosos. Se ha dado históricamente, sin embargo, un predominio del pastizal con abundante presencia de chaparral (sabina rastrera, Juniperus sabina L.) que le ha valido este espacio la protección como Zona de Especial Conservación de Red Natura 2000.
Obviamente, antes de tal declaración, este espacio tuvo una importancia clave para la economía local y comarcal. La mayor parte de este espacio perteneció a la comunidad de pastos y montes del Señorío; asimismo, proveniente de la mojonera entre Rodenas y Tordesilos, por donde discurría la cañada real de Cuenca, tenían su entrada en ambos términos no solo los ganados molineses sino también los provenientes de Casa de Ganaderos de Zaragoza.
Además, en el término de Motos se hallaron dos dehesas boyales denominadas de la Cerrillosa y de Cabezalloso. La primera poseía una extensión aproximada de 223 ha mientras que la segunda tendría una extensión de unas 540 ha. Ambas eran no solo de utilidad para la alimentación de los animales de labor locales, sino también que se alquilaban por el concejo como agostadero de ganados trashumantes; todavía a mediados del siglo xix se encuentran anuncios oficiales para su arriendo con este fin. No obstante, a partir de este momento la dehesa de la Cerrillosa se pierde, al menos oficialmente, quedando únicamente como MUP la dehesa boyal de Cabezalloso, con el n.º 153 y 676 ha de superficie.
La escasez de arbolado, limitado a algunos ejemplares aislados de cajigo, carrasca y pino albar, debió de ser un problema para el aprovisionamiento de leña desde la Edad Media, como lo demuestra un conflicto datado entre Orihuela y Motos datado en 13xx. Así, la protección del pasto de las dehesas, según ha llegado por la tradición oral, se solucionó tradicionalmente con la protección de los enebros (Juniperus communis); desafortunadamente, este paisaje fue desapareciendo en el siglo xx, debido a la sobre explotación de esta original y sabia forma de adehesamiento.
Finalmente, el triángulo que forman la Serratilla- las Árguinas y la cueva de Cirujuelos se presenta como una unidad compleja en la que podemos encontrar en pocos kilómetros una sucesión de formaciones montañosas cuyos bordes exteriores estarían formados materiales jurásicos calizos que se pueden hallar en la cordillera de la Serratilla y el puntal de Peña Horadada.
Algo más al interior, se encuentran arenas de la facies Utrillas, ya pertenecientes al Cretácico, con depósitos utilizados largo tiempo como arenales para la construcción.
Por fin, el núcleo de esta unidad estaría formado por materiales terciarios, tanto del paleógeno como del neógeno (65,5-3,6 m.a.) en forma de conglomerados calcáreos y terrazas. Se trata del área de los Barrancos, los Llanos, la dehesa Bajera, de modo que esta unidad se prolonga en los términos de Adobes y Piqueras; aunque también se encuentran depósitos aluviales del Plioceno (última dase del Terciario) en toda el área que iría desde el Collado de Alcoroches hasta los Hondos de la carretera de Orihuela, así como en la Veguilla, áreas empleadas fundamentalmente para la labor de secano.
Incluiremos en esta amplia zona los depósitos cuaternarios, más recientes que se encuentran en la Veredilla, el Tomonegro y las vegas del Palomar, de la Torre y del Pairón.
Como puede observarse, en unidad tan amplia y heterogénea, aunque interesante desde el punto de vista geológico, se concentran las principales áreas agrícolas del antiguo término de Alustante, las cuales, no solo se localizaban en áreas aluviales más o menos llanas, sino que, por medio del abancalamiento, también se dieron en las laderas de cerros de como la Pobeda, Solana Juana, los Arenales, Pendón, los Garbancillos, las Vitas, las Árguinas, etc.
Sin embargo, esta también fue la zona elegida para acotar en la Edad Media una segunda dehesa, la dehesa Bajera, llamada también de Vallejermo (‘valle yermo’), la cual llegó a contar aproximadamente 685 ha de robledal de cajigo. Aunque en menor medida, tampoco se libró esta dehesa en el siglo xix de las ventas públicas y las roturaciones, perdiendo áreas como la falda norte de los cerros Pendón a las Vitas, la Sima, los Novales, Hoya Nabo y el Cuarto del Prado. En la actualidad es MUP (n.º 108), con una extensión de 413 ha, de las cuales se redujeron a labor unas 30 ha en 1971.
El término de Alustante posee una extensión de 6.221 Has. con una variedad paisajística considerable.
Así, la zona montañosa del sur del término, tal vez la más atractiva paisajísticamente, e incluida en el Parque Natural del Alto Tajo, presenta una masa forestal de bosque de pino albar (Pinus sylvestris) que convive con el rebollo o marojo (Quercus pyrenaica) y el quejigo (Q. Lusitánica); también se encuentran otras especies de matorral, tales como la jara o estepa (Cistus ladaniferus), enebros (Juniperus oxycedrus), madreselva, tomillo, villoma, endrino, moral, frambuesas, manzanilla, té, y todo un conjunto de especies micológicas como el mizcle, níscalo o rebollón, el hongo porro (, la seta de cardo, colmenilla, llaneras, babosas y el aceitero.
En este sector del pueblo se encuentran las fuentes del Endrino, tres áreas recreativas situadas en un estrecho valle que cuentan con albergues para acampar, la fuente de la Cerrada, la fuente del Cura, los Caños, la fuente de los Arrieros, la fuente del Acebo, el Canalón, etc.
En el área central se encuentran dos vegas, denominadas del Palomar y de la Torre, y el Collado, a más de ciertas llanuras en el área del río Gallo y el prado de los Esquiñones, que se dedican a la labor agrícola. Este sector está surcado por el río Marío, el Royo de la fuente de la Losa y las fuentes de Valhondo, los Valles, los Borrachos, la Ortigosa, la Zarza, el Gayubico, etc.
Un tercer sector es un área montañosa de menor altura que la anterior situada al norte del núcleo de población, en ella se encuentran parajes como la Serratilla, la Solana Juana, el cerro de las Fuentes, el Arenal, el cerro Pendón y la Dehesa de Abajo, totalmente poblada por quejigo. El cuarto sector situado al este del término municipal está dedicado a pasto fundamentalmente, si bien en él se encuentran áreas de labor como la Veguilla, Cirujuelos, Valgrande, la Cañada, los Garabitos, etc. Estos parajes son, por su origen jurásico, ricos en fósiles. En este sector también se sitúa el poblado celtibérico de Castildelobos.
Con respecto a la fauna en Alustante se encuentra mamíferos como el ciervo, el corzo, el venado, jabalí, tejones, gato montés, zorros, jineta, comadreja, liebre, conejo, erizo, etc.; y en especies de aves viven la perdiz, codorniz, paloma torcaz, alimoche, mochuelo, buitre, águila, etc. En este pueblo se localiza la Asociación de Cazadores «La Serratilla» con coto de caza.