Durante siglos, el Señorío de Molina fue uno de los partidos de la provincia de Cuenca, y la relación con esta ciudad fue constante hasta principios del siglo XIX. El primer aspecto en el que aparecen juntos Molina y Cuenca es en ganadería. Efectivamente, desde una época muy temprana, Molina forma parte de la cuadrilla conquense de la Mesta y así se mantendrá a lo largo de la Edad Media y el Antiguo Régimen. De hecho, es posible que la dependencia en otros aspectos estuviera relacionada con que Cuenca fuera una ciudad lógica de dependencia, puesto que se hallaba como lugar de paso para los ganados trashumantes que bajaban a la Mancha y Andalucía.
La ganadería
Esta relación con Cuenca, o, mejor dicho, esta consideración del Señorío de Molina como parte del espacio político conquense, todavía se mantiene en un tramo de cañada real que se ha conservado entre los pueblos de Tordesilos (Guadalajara) y Rodenas (Teruel) y que se detiene en el punto en el que converge con los términos de Alustante y Motos: es la llamada «Cañada Real de Cuenca». Esta cañada procede del antiguo territorio del arzobispado de Zaragoza que comenzaba justo al norte de dicho tramo de cañada (Villar del Saz era ya de dicho arzobispado), por lo que es posible que sirviese para el paso de los rebaños de la Casa de Ganaderos de Zaragoza tanto a los pastos comunes de los pueblos del mediodía molinés como a Sierra Cuenca. En Alustante, a pocos kilómetros, también se halla el paso Zaragozano, que salvaba un estrecho espacio de labor, pero hay que tener en cuenta que, tras dejar atrás la «Cañada Real de Cuenca», el paso por los pueblos de Molina se hacía por áreas de pasto, que seguramente ya se consideraban parte de Cuenca.
Hacienda
Cuenca también era la ciudad que hablaba en Cortes por Molina y otras villas y ciudades de la provincia como Huete, San Clemente, Requena y Utiel o Moya. Asimismo, Cuenca era la capital hacendística, a donde los diputados del Común de la Tierra conducían los impuestos reales recaudados en los pueblos de las cuatro sesmas del Señorío. Es importante señalar que los el sistema de recaudación molinés suponía evitar la presencia de los arrendadores de impuestos, habitualmente hombres de negocios que adelantaban el dinero necesitado por la Corona y que después recaudaban los tributos reales con el evidente recargo en grave perjuicio para los vecinos de los pueblos. Así pues, eran los diputados los que recaudaban lo asignado a cada pueblo sin recargo alguno.
La Carretería
En el contexto provincial de Cuenca se halla una interesante noticia documental en la que sería necesario indagar. Se trata de la pertenencia de Alustante y Motos, junto con Almodóvar del Pinar, a la junta y hermandad conquense de la Cabaña Real de Carreteros, institución fundada por Isabel I de Castilla y que tenía como función principal la protección de los transportistas de mercancías con carretas tiradas por bueyes. Esta especial alusión a Alustante y Motos podría estar relacionada con el paso del camino de Valencia a Burgos. Acerca de lo que transportaban estos miembros de la Carretería, cabe suponer que la lana fue una de las principales materias, pero recordemos que por el puerto de Alustante el paso de mineral de hierro y madera también fueron muy comunes. Esta antigua pertenencia a la Carretería podría explicar la tradición arriera en Alustante y Motos, todavía perceptible en los siglos XVII y XVIII, con el transporte de de mena desde Sierra Menera a las ferrerías de Tierra Molina localizadas en el Hoce Seca, Checa, Corduente-Ventosa, Cobeta. Eran los menaqueros, que incluso tenían sus propias cañadas de tránsito.
El paso a la provincia de Guadalajara
En 1801, en el contexto de una reforma provincial que se lleva a cabo en la Administración borbónica, se incluye la totalidad del Señorío de Molina en la provincia de Guadalajara. Hay que tener en cuenta que esta provincia no era exactamente igual que la actual, aunque se ya aleja radicalmente de la (para nosotros) extraña forma que tuvo a lo largo del Antiguo Régimen. No conocemos las causas por las que se dio este cambio de provincia, pero cabe la posibilidad de que la pertenencia al obispado de Sigüenza de la mayor parte del territorio molinés y que Sigüenza era capital de uno de los partidos de Guadalajara desde antiguo pesase en esta decisión. Claro que no todos los pueblos de Molina pertenecieron al obispado de Sigüenza, Motos fue la excepción.