Si bien Cuenca no era una ciudad cercana (calculamos que el camino eran de unos 80 km desde Alustante), tras la adscripción del Señorío de Molina a Guadalajara las distancias a la capital de la provincia se incrementaron hasta los 140-150 km, siguiendo en parte el curso del río Tajo. Como se ha señalado en el apartado relativo a Cuenca, el paso del territorio molinés a una nueva provincia de Guadalajara se dio en 1801.
Con anterioridad a esta reforma provincial, la provincia de Guadalajara no había tenido fronteras comunes con el Señorío de Molina, pues, desde los términos del Villar de Cobeta hasta Sotodosos, por el norte, y desde Zaorejas a Morillejo, por el sur, el Tajo servía de frontera entre Soria y Cuenca. La provincia de Guadalajara antigua era, además, un conglomerado de enclaves y exclaves compuesto por el partido de Guadalajara, la Tierra de Jadraque y sus dos sexmos (Bornoba y Henares), la Tierra de Hita, la de Buitrago, el partido de Sigüenza, las Tierras de Galve, la Riba de Santiuste, Miedes y Paredes, el partido de Colmenar Viejo y el Condado de Manzanares, además de algunos pueblos como San Martín de Valdeiglesias o Méntrida.
La integración del Señorío de Molina en la provincia e intendencia de Guadalajara está relacionada con un conjunto de reformas provinciales que se dan desde el Consejo de Hacienda durante el reinado de Carlos IV, en el periodo comprendido entre 1801 y 1805. Por su parte, el cronista Pedro Pruneda indica que esta adscripción se dio en el lapso del año 1801 a 1804. Sin embargo, tratando de afinar más, quizá el año en el que entró Molina en Guadalajara provincia fue 1802; es el año que señala López Pelegrín, quien fuera diputado en las Cortes de Cádiz por Molina, en su intervención de 3 de mayo de 1812: “Verdad es que en 1797 estaba agregado el Señorío a la provincia de Cuenca hasta el de 1802, que se agregó a Guadalajara”.
Esta nueva provincia de Guadalajara comienza a parecerse a su conformación actual, aunque a ella se asignan nuevos territorios, estos se mantienen íntegros, sin segregaciones de pueblos de sus tierras tradicionales, como sí se hará en posteriores divisiones provinciales. Así pues, la provincia de Guadalajara estará compuesta por dos partidos, el de la capital, integrado por las Tierras de Buitrago, Hita, y la de Jadraque y un cierto número de villas «sueltas»; el segundo partido era el de Sigüenza, que incluía el Ducado de Medinaceli con sus ocho cuadrillas, y las Tierras de Galve, Miedes, Riva de Santiuste, Paredes, Atienza y Cobeta, así como el Señorío de Molina. En esta reforma Guadalajara pierde Colmenar Viejo y el condado de Manzanares el Real.
Esta es la división que llegará al periodo de invasión francesa. Sin embargo, este periodo traumático también conllevó algunas alteraciones territoriales que, si bien quedaron en meros proyectos, merece la pena comentarlos. Por un lado, se encontró el proyecto de división en prefecturas de José I, el cual preveía la inclusión de Alustante y Motos en la prefectura de Zaragoza. Por otro lado, una vez constituidas las Cortes de Cádiz, los diputados por Molina, José Roa y Francisco López Pelegrín, especialmente este último, defenderán la asunción del Señorío de Molina al rango de provincia, arguyendo ser este uno de los territorios de la intitulación de la monarquía hispánica pero, sobre todo, por haber constituido una activa Junta de Defensa particular desde 1808. Contra esta pretensión la voz más sonada sería la del canónigo de la catedral de Sigüenza, Andrés Esteban Gómez, a su vez diputado por Guadalajara.
Este enfrentamiento de pareceres en plenas Cortes de Cádiz quizá puede no pasar de una anécdota histórica, si no fuera por que ambos protagonistas de este debate eran naturales de Alustante. Así, se ha conservado la partida de bautismo de Francisco López Peregrín en la iglesia de Santa María de la Asunción, fechada el 9 de octubre de 1769, aunque su nacimiento en el lugar, el 4 de dicho mes, parece accidental, ya que sus padres, Isidro López, natural de Torrubia, y Antonia Pelegrín, natural de Almaluez (Soria), son en ese momento residentes en Alcoroches. Por su parte, Andrés Esteban Gómez nació también en Alustante el 10 de noviembre de 1766, siendo bautizado en la misma pila que el anterior y por el mismo cura, Gil de Lahoz Martínez, aquel mismo día. Esteban llegará a ser obispo de Ceuta y más tarde de Jaén. López Pelegrín fue apadrinado por Pedro Esteban, padre de Andrés Esteban.
El único logro que se alcanzó en este debate fue que la provincia de Guadalajara, la misma a la que se agregó Molina en 1801-1802, fue renombrada con el título de «Guadalajara con Molina». Fue esta la provincia para la que se fundó el 25 de abril de 1813 la nueva Diputación en un solemne acto que tuvo lugar en Anguita, en el Ducado de Medinaceli, que, lejos de ser una «remota villa», como hoy reza un panel informativo en la entrada del palacio de la Diputación, se trataba de un razonable punto de encuentro, dado que, según la morfología de la provincia en aquel momento, se hallaba ubicado prácticamente en el centro de la misma.
No obstante, una de las cuestiones pendientes de las Cortes de Cádiz fue la revisión de la división provincial en España, lo que no dejará de propiciar la sugerencia de ideas para este propósito.